A FATEO possui vários cursos de pós-graduação. 

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Pós-graduação em Missiologia (jul/2024-jul/2025) - já em andamento

Parceria com o Centro Cultural Missionário

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Pós-graduação em Família (jan/2025-jan/2026)

Parceria com a Comissão Episcopal para a Vida e Família da CNBB, Pastoral Familiar e Pontifício Instituto São João Paulo II para Vida e Família

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